Территория заповедника расположена в бассейне реки Олекма и многочисленных ее притоков. Гидрологическая сеть развита и представлена 85 реками и ручьями протяженностью от 3-х до 110 км. Все реки заповедника принадлежат бассейну реки Лена. Судоходной является река Олекма, протекающая в пределах заповедника на протяжении около 140 км. Истоки Олекмы находятся в юго-западной части Олекминского Становика. Это один из самых крупных правых притоков реки Лена. К крупным рекам, протекающим по территории заповедника, следует отнести реки: Амга – протяженностью 72 км и Туолба – протяженностью 81 км (по территории).
Одной из главных особенностей в гидрологических режимах многочисленных рек и ручьев заповедника является их быстрая реакция на выпадение обильных ливневых или слабых, но продолжительных дождей, выражающаяся в быстром повышении уровня воды.
Площадь большинства озер небольшая. Озера расположены в основном на днищах долин и карах. Питаются в основном они от снежников и большую часть года находятся подо льдом. Большинства озер является источником рек и их притоков.
678100, Республика Саха (Якутия), г.Олекминск, ул.Логовая,31
© ФГБУ "Государственный природный заповедник "Олекминский" 2011